波黑地區(qū)自新石器時代就有人類居住。早期居民為伊利里亞人。該地于公元前168年由羅馬帝國占領(lǐng)。455年時東哥特人將該地區(qū)占領(lǐng)，6世紀(jì)時東哥特人被東羅馬帝國擊敗，現(xiàn)波黑南部地區(qū)一度成為東羅馬帝國的一部分。
　　6世紀(jì)末7世紀(jì)初，部分斯拉夫人南遷到巴爾干半島，在波斯尼亞和黑塞哥維那等地定居。阿瓦爾人于6世紀(jì)和7世紀(jì)時開始入侵，克羅地亞人和塞爾維亞人也相繼進(jìn)入巴爾干半島。在接下來的幾個世紀(jì)內(nèi)，波斯尼亞以及黑塞哥維納地區(qū)多次分屬周圍的各個國家。1377年時tvrtko kotromanić（特弗爾特科·科特羅曼尼奇？）建立了一個獨立的波斯尼亞公國，曾是南部斯拉夫人最強(qiáng)盛的國家。但1463年時奧斯曼帝國入侵，波斯尼亞被兼并。
　　在奧斯曼帝國統(tǒng)治下，許多波斯尼亞人由基督教改信伊斯蘭教，漸漸形成了波斯尼亞穆斯林民族。雖然當(dāng)?shù)氐哪滤沽峙c塞爾維亞族人都使用塞爾維亞語，但在民俗習(xí)慣、道德標(biāo)準(zhǔn)和價值觀念等方面卻存在著較大的差異。
　　1878年波斯尼亞和黑塞哥維納成為了奧匈帝國的領(lǐng)地。1908年被奧匈帝國占領(lǐng)。1914年6月28日，國皇子弗郎茨·費笛南在薩拉熱窩被塞族民族主義者所刺殺（參見薩拉熱窩事件），導(dǎo)致第一次世界大戰(zhàn)爆發(fā)。
　　1918年第一次世界大戰(zhàn)結(jié)束后，南部斯拉夫民族成立了塞爾維亞人－克羅地亞人－斯洛文尼亞人王國，1929年改稱南斯拉夫王國，波黑是其中的一部分，被劃分為幾個行政省。
　　第二次世界大戰(zhàn)期間，由于被德、意法西斯扶植的“克羅地亞獨立國”傀儡政權(quán)實行種族滅絕政策，30萬塞爾維亞人慘遭殺害，從此，塞爾維亞與克羅地亞兩族結(jié)下了世仇。1960年代末，當(dāng)時的南領(lǐng)導(dǎo)人鐵托（克羅地亞人）和卡德爾（斯洛文尼亞人）曾決定將波黑的穆斯林為一個民族，同時鼓勵其他共和國的穆斯林加入波黑，致使波黑穆斯林人口超過塞族人口。
　　1945年，南斯拉夫各族人民取得反法西斯戰(zhàn)爭勝利，成立南斯拉夫聯(lián)邦人民共和國（1963年改稱南斯拉夫社會主義聯(lián)邦共和國），波黑成為南斯拉夫聯(lián)邦的一個加盟共和國，其邊界采用的是奧斯曼帝國時期的邊界，和實際民族分布頗有出入。
　　1991年南斯拉夫社會主義聯(lián)邦共和國開始解體，波黑聯(lián)合執(zhí)政的穆斯林民主行動黨、克羅地亞民主共同體和塞爾維亞民主黨在未來的國體問題上發(fā)生嚴(yán)重分歧，穆斯林族和克羅地亞族擔(dān)心受塞爾維亞控制而主張波黑獨立，塞爾維亞族則要求該共和國留在南斯拉夫內(nèi)。1991年10月15日，由穆斯林和克羅地亞人占多數(shù)的波黑議會宣布波黑為主權(quán)國。1991年1月9日，波黑塞族領(lǐng)導(dǎo)人宣布單獨成立“波黑塞爾維亞人民共和國。”1992年2月舉行全民投票以尋求獨立。1992年3月初，全民公決贊成波黑共和國獨立，但該共和國中的塞族人進(jìn)行了抵制。波黑塞族人隨即在塞爾維亞的支持下以武力方式尋求加入塞爾維亞，內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。波黑內(nèi)戰(zhàn)中共有二十萬人死亡，超過二百萬人流離失所。1992年4月6日，波黑塞族人“議會”宣布“塞爾維亞共和國”獨立。1992年4月爆發(fā)了曠日持久的波黑內(nèi)戰(zhàn)。1992年5月22日，聯(lián)合國接納波黑共和國為正式成員國。1994年3月，波黑穆斯林族和克羅地亞族達(dá)成協(xié)議，合并為穆－克聯(lián)邦，并同克羅地亞共和國組成聯(lián)邦。1995年3月6日克羅地亞和波黑、穆克聯(lián)邦簽訂建立三方聯(lián)合司令部協(xié)議。1995年12月14日，解決波黑沖突的《波黑和平協(xié)議》正式簽字儀式在法國總統(tǒng)府愛麗舍宮隆重舉行。波黑總統(tǒng)伊澤特貝戈維奇、克羅地亞總統(tǒng)圖季曼和塞爾維亞總統(tǒng)米洛舍維奇在《波黑和平協(xié)議》（代頓協(xié)議）上簽了字。根據(jù)該協(xié)議，1995年11月21日，波黑劃分為穆克聯(lián)邦和波黑塞爾維亞共和國兩個實體，薩拉熱窩劃歸穆克聯(lián)邦統(tǒng)轄。12月22日，波黑政府宣布，結(jié)束在波黑領(lǐng)土上的戰(zhàn)爭狀態(tài)。1996年9月14日，波黑進(jìn)行了首次大選。國際組織對大選情況表示滿意。1996年10月3日，在法國總統(tǒng)希拉克的主持下，波黑共和國總統(tǒng)伊澤特貝戈維奇和南聯(lián)盟塞爾維亞共和國總統(tǒng)米洛舍維奇在巴黎簽署了一項《共同聲明》，宣布波黑和南聯(lián)盟決定建立大使級外交關(guān)系。
　　波黑戰(zhàn)爭結(jié)束后，北約在波黑繼續(xù)駐扎維和部隊，2004年底起由歐盟的力量所取代。