清凈寺創(chuàng)建于北宋大中祥符二年（公元1009年，回歷400年），公元1309年由伊朗艾哈默德重修。寺是仿照敘利亞大馬士革伊斯蘭教禮拜堂的形式建筑的，現(xiàn)存主要建筑有大門樓、奉天壇和明善堂。寺內(nèi)有明成祖于永樂五年（公元1407年）頒發(fā)保護清凈寺和伊斯蘭教的《敕諭》石刻一方，極為珍貴。

      現(xiàn)存主要建筑有大門樓、奉天壇和明善堂。大門樓的外觀具有傳統(tǒng)的阿拉伯伊斯蘭教建筑形式。大門朝南，高 1230米，基寬6．60米，門寬3．80米，用輝綠巖條石砌筑，分外、中。內(nèi)三層。第一、二層皆為圓形穹頂尖拱門，第三層為磚砌圓頂。樓頂為平臺，四面環(huán)筑“回”字形垛子，有如城諜，北墻左右嵌有二萬陰刻“月”、“臺”石刻，為伊斯蘭教徒“齋月”用以望月以便確定起齋日期，整座建筑造型巍峨壯觀。

     “奉天壇”是穆斯林禮拜的地方，現(xiàn)僅存四圍石墻。壇的屋蓋明代年間倒塌，殿內(nèi)四周的空地上尚存花崗巖的殘礎。入東墻尖拱形正門，看西墻正中有一尖拱形的高大壁龕，桑內(nèi)刻有古阿拉伯文的《古蘭經(jīng)》經(jīng)句石刻，保存完好。寺的西北角為“明善堂”，建于明隆慶元年（公元 1567年），因奉天壇禮拜殿屋蓋倒塌后，教徒們便移此做禮拜。

      在門樓的東側“祝圣事”內(nèi)立有元至正十年（公元1350年）、明萬歷二卜七年（公元1609年）重修清凈寺的碑記，是研究泉州伊斯蘭教的重要物證。寺內(nèi)有明成祖于永樂五年（公元1407年）頒發(fā)保護清凈寺和伊斯蘭教的《效諭》石刻一方，極為珍貴。清凈寺是我國與阿拉伯各國人民友好往來和文化交流的歷史見證，也是泉州海外交通的重要史跡。